Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms