Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
SKA3Q8IX90 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms