Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
NUP88Q99567 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms