Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC14.34□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.11
RPUSD4Q96CM3 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SLCO5A1-201ENST00000260126 9076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms