Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms