Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.8 ms