Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SKA3Q8IX90 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms