Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.8 ms