Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC87Q9NVE4 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms