Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms