Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
SKA3Q8IX90 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms