Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
TCOF1Q13428 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
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