Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC9Q9Y3X0 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC33.49■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC9Q9Y3X0 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC33.4■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
CCDC9Q9Y3X0 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
CCDC9Q9Y3X0 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.28■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC33.27■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC33.27■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC33.27■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.27■■■□□ 2.92
CCDC9Q9Y3X0 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms