Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC30.96■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC30.95■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.55
CHMP3Q9Y3E7 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC30.94■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.94■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC30.92■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.91■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.9■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
CHMP3Q9Y3E7 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC30.88■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC30.88■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC30.88■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC30.87■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.85■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC30.85■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC30.84■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC30.83■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC30.83■■■□□ 2.53
CHMP3Q9Y3E7 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP3Q9Y3E7 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC30.76■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC30.76■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC30.76■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.51
CHMP3Q9Y3E7 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms