Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
VPS53Q5VIR6 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC29.82■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
VPS53Q5VIR6 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC29.74■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
VPS53Q5VIR6 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
VPS53Q5VIR6 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms