Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SYNE3Q6ZMZ3 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE3Q6ZMZ3 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms