Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
LIG1P18858 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
LIG1P18858 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms