Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms