Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
DKK3Q9UBP4 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms