Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms