Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SKA3Q8IX90 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms