Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP54Q70EL1 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms