Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LHX3Q9UBR4 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms