Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms