Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SCN1BQ07699 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms