Protein–RNA interactions for Protein: P48431

SOX2, Transcription factor SOX-2, humanhuman

Predictions only

Length 317 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX2P48431 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SOX2P48431 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SOX2P48431 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SOX2P48431 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SOX2P48431 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SOX2P48431 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SOX2P48431 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SOX2P48431 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SOX2P48431 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SOX2P48431 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SOX2P48431 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SOX2P48431 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SOX2P48431 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SOX2P48431 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SOX2P48431 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SOX2P48431 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SOX2P48431 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SOX2P48431 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SOX2P48431 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SOX2P48431 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SOX2P48431 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SOX2P48431 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms