Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL5A3P25940 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms