Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SKA3Q8IX90 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms