Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC27.28■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
TCOF1Q13428 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TCOF1Q13428 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
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