Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
USP4Q13107 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
USP4Q13107 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
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