Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
VPS54Q9P1Q0 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms