Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC9P31274 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57 ms