Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HPS3Q969F9 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HPS3Q969F9 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HPS3Q969F9 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
HPS3Q969F9 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
HPS3Q969F9 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HPS3Q969F9 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HPS3Q969F9 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HPS3Q969F9 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HPS3Q969F9 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms