Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXA4Q00056 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms