Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMA1Q9UHB6 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMA1Q9UHB6 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms