Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms