Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
NPHP3Q7Z494 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
NPHP3Q7Z494 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53 ms