Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CHD3Q12873 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
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