Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.8 ms