Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
TREX1Q9NSU2 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms