Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS39Q96JC1 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.2 ms