Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms