Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS53Q5VIR6 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms