Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
USP4Q13107 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
USP4Q13107 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
USP4Q13107 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
USP4Q13107 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
USP4Q13107 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
USP4Q13107 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
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