Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXA1P49639 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXA1P49639 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXA1P49639 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXA1P49639 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXA1P49639 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXA1P49639 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXA1P49639 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXA1P49639 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXA1P49639 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms