Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMD1Q9UGP4 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMD1Q9UGP4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
LIMD1Q9UGP4 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
LIMD1Q9UGP4 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms