Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC32.04■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC32.02■■■□□ 2.72
CHMP4AQ9BY43 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC32.01■■■□□ 2.71
CHMP4AQ9BY43 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
CHMP4AQ9BY43 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
CHMP4AQ9BY43 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC31.99■■■□□ 2.71
CHMP4AQ9BY43 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
CHMP4AQ9BY43 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
CHMP4AQ9BY43 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
CHMP4AQ9BY43 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC31.97■■■□□ 2.71
CHMP4AQ9BY43 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
CHMP4AQ9BY43 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
CHMP4AQ9BY43 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.95■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC31.94■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC31.92■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.92■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.92■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP4AQ9BY43 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC31.87■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC31.87■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC31.86■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC31.86■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC31.84■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC31.84■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP4AQ9BY43 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC31.81■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC31.81■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC31.81■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC31.8■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC31.77■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC31.77■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC31.76■■■□□ 2.68
CHMP4AQ9BY43 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CHMP4AQ9BY43 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms