Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
LINC00643Q86TS7 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC15.64■□□□□ 0.1
LINC00643Q86TS7 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
LINC00643Q86TS7 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms