Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP53Q70EK8 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP53Q70EK8 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP53Q70EK8 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP53Q70EK8 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms