Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSX1P28360 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSX1P28360 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX1P28360 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX1P28360 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX1P28360 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX1P28360 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX1P28360 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX1P28360 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSX1P28360 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSX1P28360 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSX1P28360 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSX1P28360 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSX1P28360 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSX1P28360 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
MSX1P28360 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSX1P28360 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSX1P28360 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSX1P28360 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSX1P28360 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSX1P28360 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSX1P28360 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
MSX1P28360 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX1P28360 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX1P28360 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX1P28360 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX1P28360 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX1P28360 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX1P28360 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSX1P28360 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX1P28360 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX1P28360 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX1P28360 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX1P28360 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX1P28360 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSX1P28360 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSX1P28360 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX1P28360 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX1P28360 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX1P28360 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSX1P28360 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX1P28360 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX1P28360 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX1P28360 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX1P28360 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX1P28360 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSX1P28360 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX1P28360 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX1P28360 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX1P28360 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX1P28360 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX1P28360 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX1P28360 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX1P28360 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSX1P28360 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX1P28360 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX1P28360 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX1P28360 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX1P28360 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSX1P28360 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX1P28360 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX1P28360 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX1P28360 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX1P28360 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX1P28360 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX1P28360 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSX1P28360 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX1P28360 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX1P28360 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX1P28360 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSX1P28360 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX1P28360 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX1P28360 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX1P28360 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX1P28360 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSX1P28360 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX1P28360 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX1P28360 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX1P28360 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSX1P28360 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSX1P28360 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSX1P28360 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSX1P28360 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX1P28360 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX1P28360 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX1P28360 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX1P28360 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX1P28360 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSX1P28360 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX1P28360 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX1P28360 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX1P28360 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSX1P28360 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX1P28360 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX1P28360 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX1P28360 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSX1P28360 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSX1P28360 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSX1P28360 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSX1P28360 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms